chore(cli): standardize function calls in cli in V2 context

Dans cette MR, on tente au mieux d'harmoniser l'ordre des fonctions appelées dans la cli, à savoir:

1. on vérifie la structure de la livraiso
2. on ouvre le fichier de paramètres
3. on lance le run
4. on écrit le fichier de sortie avec la méthode create_output_file

⚠ Cette MR doit être fusionnée après !10 (merged) et !11 (merged)